Snake Eyes zostaje przyjęty do starożytnego japońskiego klanu zwanego Arashikage po uratowaniu życia ich następcy. Po przybyciu do Japonii Arashikage uczy Snake jak zostać wojownikiem ninja, zapewniając jednocześnie coś, za czym tęsknił: dom. Ale kiedy tajemnice z jego przeszłości zostaną...